既に本学では、学長のリーダーシップを発揮する体制として、21世紀研究教育計画委員会が設置されている。 そのもとに「古事記学」研究実施委員会を設置し、研究開発推進機構の研究マネジメントによって古事記学センターが本事業を推進する。
各学部・機関の役割として、まず『古事記』注釈に直結するⅠ本文校訂・訓読・現代語訳、Ⅱ解釈史・研究史の研究［(1)近世前・中期、(2) 近世後期、(3) 近代、(4) 神話学・民俗学・人類学､(5) 戦後歴史学における令制以前研究］は、文学部・法学部・神道文化学部が担当する。 また、『古事記』に関連する文化資源化の実態調査・研究は、経済学部が担当し企業との連携に活用する。そして、『古事記』の教育実践の研究については、人間開発学部（教育実践総合センター）・教育開発推進機構が担当することで、全学的に事業を実施する。
本事業の実施に当たっては、年度ごとの事業の進捗状況に対する研究基盤整備小委員会による自己点検・評価、および外部評価委員会による客観的評価をとりまとめて学長に報告し、その指導のもと「古事記学」研究実施委員会が修正を行う。 また、中間評価（平成30年度）においては、数量的にまとめられたエビデンスから、達成された目標・見直すべき目標を明確にし、次年度以降の事業の指針とする。最終年度となる32年度には総括的評価を行い、恒常的なブランディング構築を目的とする後継事業に位置づけるための指標とする。
国内外の学外連携については、神社本庁総合研究所、明治神宮国際神道文化研究所、日本文化興隆財団、ハーバード大学ライシャワー日本研究所、中国南開大学、古事記学会、神道宗教学会、国際比較神話学会等とシンポジウムの共催や合同研究会で連携し、教育実践においては、神社関係の諸団体と連携する。 その他、外部博物館等と連携し、企画展・特別展の開催に伴う資料の貸借や、共催による講座の開講を計画・実施する。