本系図は、本事業の成果公開物である「『古事記』注釈」（『古事記學』）をもとに作成した。先行研究において揺れのある点については、「『古事記』注釈」（『古事記學』）の解釈により、系図化している。ただし、現在「『古事記』注釈」は「葦原中国平定（1）」までの注釈であるため、以降の注釈が及んでいない箇所については、山口佳紀・神野志隆光『古事記』（新編日本古典文学全集、小学館、1997年6月）に拠り作成している。なお、「『古事記』注釈」が更新されるごとに、新たな注釈に拠って更新箇所を修正していく予定である。
神名・人名は、系図を見やすくするように現行の字体を採用した。
系図化するにあたり、複数箇所に登場する神・人物については、番号を付し同一存在であることを示した。
系図の線種については、以下の通りである。
- 棒線 → 血縁関係のある親子
- 点線 → 血縁関係のない親子（「成」神など）
- 二重線→ 婚姻関係のある男女
性別が分かる神・人物については、男性→青色、女性→薄桃色で示した。ただし、性別不明の神・人物の場合は色をつけていない。
系統が不明な神は、神話あるいは天皇の時代ごとにまとめて示した。
神名・人名には、①神名・人名、②読み、③ローマ字、④別名、⑤別名読み、⑥ローマ字、⑦性別、⑧登場箇所、⑨データ、⑩注の情報が表示されるようにした。
このうち、⑨は神名・人名と関連する各データベースの項目へのリンクである。
また、⑩は系図化するにあたり、解釈にゆれがある場合、その箇所についての諸説を提示した。